Restriction Fragments Length Polymorphism (RFLP) of cutthroat trout Oncorhynchus clarki mitochondrial DNA fragments amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) / Polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción (RFLP) de la trucha garganta cortada Oncorhynchus clarki a partir de fragmentos de ADN mitocondrial amplificados por reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

KEYWORDS: Polymerase Chain Reaction; RFLP; Oncorhynchus clarki

ABSTRACT

Certain regions of the mitochondrial genome have been a valuable source of information concerning genetic diversity in fish. In this study, the mitochondrial DNA (mtDNA) ORF1, ORF2, ORF5/6 and Cytochrome B gene regions of different cutthroat trout subspecies were amplified by polymerase chain reaction (PCR). PCR amplified mtDNA fragments were cleaved with 10 restriction endonucleases (AluI, CfoI, HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, MboI, MspI, RsaI, and Sau3AI). Resultant restriction fragments were separated by agarose gel electrophoresis and detected by ethidium bromide staining. Forty unique restriction fragment length polymorphisms were detected which allow unique separation of all cutthroat trout subspecies and some populations. These data were used to infer phylogenetic relationships of the cutthroat trout subspecies. The combined use of PCR and RFLP techniques provides a rapid and nonlethal technique for the identification of native cutthroat trout subspecies.

RESUMEN

Ciertas regiones del genoma mitocondrial han sido una fuente valiosa de información en el estudio de la diversidad genética en peces. En este estudio, se amplifican por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), las regiones génicas ORF1, ORF2, ORF5/6, y citocromo B del ADN mitocondrial (ADN mt) de diferentes subespecies de trucha garganta cortada. Los fragmentos de ADN mt amplificados por PCR fueron cortados con 10 endonucleasas de restricción (AluI, CfoI, HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, MboI, MspI, RsaI, y Sau3AI). Los fragmentos de restricción resultantes fueron separados por electroforésis en gel de agarosa y detectados por medio de la tinción con bromuro de etidio. Cuarenta polimorfismos de longitud de los fragmentos de restricción fueron detectados, los cuales permitieron la separación de todas las subespecies de trucha garganta cortada, como también de algunas poblaciones. Estos datos fueron utilizados para inferir las relaciones filogenéticas de las subespecies de trucha garganta cortada. El uso combinado de las técnicas de PCR y RFLP, proveen un procedimiento rápido y no letal para la identificación de subespecies nativas de trucha garganta cortada.

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